Immunoprecipitation, CoIP, and ChIP-seq
Verfasst/ Bearbeitet von Dr. Stefan Pellenz, PhDDie Immunpräzipitation (IP) ist eine der am häufigsten eingesetzten Methoden zur Isolierung von Proteinen und anderen Biomolekülen aus komplexen Gemischen. Sie nutzt die hohe Spezifität von Immunglobulinen sowie deren starke Affinität zu spezifischen antigenen Zielstrukturen.
Eine etablierte Methode – gestern, heute und in Zukunft
IP-Techniken werden häufig eingesetzt, um ein primäres Zielprotein gemeinsam mit anderen Makromolekülen zu isolieren (Co-IP), Protein-DNA-Komplexe zu untersuchen (ChIP), spezifisch modifiziertes genetisches Material anzureichern, beispielsweise methylierte DNA mittels methylated DNA immunoprecipitation (MeDIP), RNA zu isolieren (RNA-IP, RIP) oder Proteinkomplexe mit bestimmten posttranslationalen Proteinmodifikationen zu analysieren.
ChIP: Identifizierung von DNA-Protein-Interaktionen
Als Erweiterung der Co-IP gehören
und davon abgeleitete Verfahren heute zu den wichtigsten Methoden zur Identifizierung von DNA-Protein-Interaktionen spezifischer Proteine. Bei der ChIP-Methode wird – ähnlich wie bei einer konventionellen IP – ein bestimmtes Protein isoliert. Anschließend können die an dieses Protein gebundenen relevanten Gensequenzen identifiziert werden.Fortschritte in genetischen und proteomischen Methoden haben die Anwendungsmöglichkeiten von ChIP erheblich erweitert. Die Kombination von ChIP mit Microarray-Technologie (ChIP-chip) oder Next-Generation Sequencing (
) ermöglicht die Identifizierung genomweiter Proteinbindungsstellen und hat wesentlich zu unserem Verständnis der Struktur und Funktion des menschlichen Genoms beigetragen. Durch Fortschritte bei Sequenzierungs- und Datenverarbeitungstechnologien können Protein-DNA-Interaktionsstellen heute genomweit mit hoher Genauigkeit und Auflösung charakterisiert werden.Unabhängig von der Komplexität der jeweiligen Methode bleibt die Immunpräzipitation ein grundlegendes Verfahren der Proteomforschung. Im Zentrum der IP steht ein Immunreagenz – entweder ein Antikörper oder ein vergleichbares alternatives Reagenz. IP-basierte Verfahren gehören zu den technisch anspruchsvolleren Anwendungen für Antikörper, da sie sowohl eine hohe Affinität zum Zielmolekül als auch eine besonders hohe Spezifität erfordern. Diese Anforderungen können zuverlässig vor allem durch Antikörper und andere Reagenzien erfüllt werden, die speziell für IP-basierte Anwendungen charakterisiert wurden.
Antibodies-online bietet mehrere zehntausend Antikörper und Antikörperalternativen, die für IP, ChIP, ChIP-seq und verwandte Methoden geeignet und entsprechend charakterisiert sind. Entdecken Sie unser Sortiment an Produkten für Immunpräzipitation (IP), ChIP und ähnliche Anwendungen.
Typischer Ablauf eines ChIP-seq-Protokolls:
- Die genomische DNA wird enzymatisch oder mechanisch fragmentiert, nachdem gebundene Proteine mit der DNA quervernetzt wurden.
- Die DNA-Fragmente werden anschließend gemeinsam mit den fixierten Proteinen immunpräzipitiert.
- Die Quervernetzungen werden aufgehoben. Anschließend werden die DNA-Fragmente aufbereitet und mit Sequenzierungsadaptern ligiert, die für die verwendete NGS-Plattform geeignet sind.
- Nach Amplifikation und größenabhängiger Aufreinigung werden die DNA-Fragmente sequenziert. Die erhaltenen Sequenzreads werden anschließend gegen ein Referenzgenom gemappt, um Proteinbindungsstellen zu identifizieren.
Beliebte Antikörper für die Immunpräzipitation
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Goal-oriented, time line driven scientist, proficiently trained in different academic institutions in Germany, France and the USA. Experienced in the life sciences e-commerce environment with a focus on product development and customer relation management.
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