Der Haupthistokompatibilitätskomplex (engl. major histocompatibility complex (MHC)) ist unter Säugetieren weit verbreitet. Diese sehr große Genregion ist für die Expression von Proteinen verantwortlich, die die Fähigkeit besitzen an Zellfragmente anzudocken, um sie externen Immunzellen zu präsentieren. Wenn das Fragment ein dem Organismus fremdes ist, deutet dies auf eine Infektion oder krankhafte Veränderung der Zelle hin und das Immunsystem wird für die Neutralisierung der Zelle sorgen. Um den Organismus vor Eindringlingen oder Pathogenen schützen zu können, muss das MHC Molekül eine sehr diverse Bindungseigenschaft besitzen. Um dies zu erreichen, besitzen die MHC Gene einen großen Grad an Polymorphismen. Beim Menschen ist die MHC Genregion 3,6 Millionen Basenpaare groß und besitzt insgesamt etwa 140 Gene. Die MHC Moleküle werden in drei Typen unterteilt, die MHC Klasse I, MHC Klasse II und MHC Klasse III genannt werden. Die Klassen von MHCs kann man anhand ihrer Funktionen unterscheiden. MHC Klasse I wird in allen Zellen mit Zellkern exprimiert und seine Hauptaufgabe besteht darin die Antigenpeptide den zytotoxischen T Lymphozyten zu präsentieren. Die Klasse II MHC Moleküle finden sich auf Antigenpräsentierenden Helfer T Lymphozyten. MHC Klasse III Moleküle haben andere Funktionen und sind vor allem im Zusammenhang mit Inflammationsreaktionen von Bedeutung.