Obwohl die Autophagie seit 40 Jahren bekannt ist, sind die molekularen Mechanismen und die Maschinerie die ihr zugrunde liegt noch schlecht verstanden. Dennoch, heute sind bereits über dreißig Autophagiegene (ATG Gene) bekannt. Heute sind drei Hauptgründe oder Auslöser für Autophagozytose bekannt: Nährstoffmangel: eine Verringerung der Menge an Aminosäuren führt zu Autophagozytoseprozessen, Infektionen: Autophagozytose spielt eine Rolle in der Bekämpfung von Bakterien und Viren und ist damit Bestandteil des angeborenen Immunsystems und Pflegeprozesse: Proteine und Organellen werden hierbei recycelt. Autophagozytose ist kein Zelltodweg, sondern ein "Selbstkannibalismusweg". Mit Hilfe von lysosomaler Degeneration wird die Zelle von überflüssigen, oder sogar schädlichen, Proteinen und Zellorganellen gereinigt. Einer Zelle stehen verschiedene Methoden zur Abfallbeseitigung zur Verfügung. Heute sind drei verschiedene Prozesse bekannt:

1) Pexophagozytose, ein Autophagozytoseweg der Peroxisome zerlegt
2) Mitophagozytose, zur Zersetzung von Mitochondrien
3) Xenophagozytose, zur Zerstörung von Bakterien und Viren

Mikroautophagocytose wird das direkte einschließen durch die Lysosomen genannt, Macroautophagocytose erfordert die Bildung einer Doppelmembranstruktur, die Autophagosom genannt wird, und die Material an die Lysosomen zur Zersetzung liefert, CMA (von engl.: Chaperone-mediated autophagy) sorgt für das Recycling von Proteinen, die aufgrund einer bestimmten Konsensussequenz als Zytosolproteine erkannt werden. Die Proteine werden bei diesem Prozess einzeln in das Lysosom transportiert. Es können auf diese Art lediglich einzelne Proteine, nicht aber Organellen zerstört werden. Autophagozytose ist ein alltäglicher Prozess, der Zellwachstum und Entwicklung entscheidend beeinflusst, indem er die Balance zwischen Synthese und Abbau des Zellinhalts erhält.

Autophagozytose kann durch externe und interne Stimuli ausgelöst werden. Im Prinzip hilft die Autophagozytose beim Schutz gegen Krankheiten, beispielsweise Krebs, Neurodegeneration, bakteriellem Befall oder viralen Infektionen sowie gegen das Altern und Herzkrankheiten. Wenn aber die Autophagozytose fehlerhaft funktioniert kommt es zu spezifischen Erkrankungen. Autophagozytose ist kein Zelltodweg, wie die Autophagyie sondern ein "Selbstkannibalismusweg". Mit Hilfe von lysosomaler Degeneration wird die Zelle von überflüssigen, oder sogar schädlichen, Proteinen und Zellorganellen gereinigt.