Enzyme die Proteine oder Peptide abbauen werden Peptidasen, Proteinasen oder Proteasen genannt. Die Proteolyse ist ein Verdauungsprozess, der Aminosäuren aus einer Polypeptidkette entfernt. Proteasen sind in den meisten Organismen vorhanden, da sie wichtige physiologische Aufgaben erfüllen. Proteasen erfüllen beispielsweise Aufgaben bei der Apoptose, der Blutgerinnung, dem Komplementsystem sowie bei der Verdauung von Nahrung und vielen weitere. Durch die Verdauung anderer Proteine kontrollieren Proteasen die Lebensdauer von Proteinen und sind daher von großer Bedeutung beim Recycling von Peptiden. Peptidase bilden Proteinekomplexe, die ubiquitinylierte Proteine erkennen und zersetzen. Bei manchen bakteriellen Infektionen spiele Peptidasen eine Rolle für die Pathologie. Bakterien verwenden Peptidase teilweise dazu Wirtproteine zu zersetzen. Proteasen werden in sechs Klassen unterteilt, definiert auf Basis der Aminosäuren an denen sie angreifen. Beispiele für Aminosäuren, die für Peptidasen Funktionen von Bedeutung sind, sind Serin, Cystein, Threonin und Glutamatsäure.